博士生如何进行文献阅读和文献整理？

lyl · 发表于科研工具 2021-11-23 17:30:21

博士生如何进行文献阅读和文献整理

ucking · 发表于 2021-11-23 17:42:21

文献整理的目的：了解行业发展动态，发现研究热点和流派，找到重要流派的起源。
通过近期文献可发现行业动态，通过经典文献（IF高Q高）可发现热点与流派，通过对经典文献的参考文献分析，可发现流派的起源。
那么，如何快准狠地查找目标文献呢？
查找文献有很多种方法：

找团队师兄师姐要文献，这种做法最快，也最接近研究课题，缺点是师兄师姐看不到的，你也可能看不到；
4 {, G2 r& L6 O* j* U# H
先找几篇核心文献，通过核心文献的reference追本溯源，这样能由点到线再到面，缺点是工作量大；
+ ^- v& y1 m' P8 H
通过Google学术的关键词搜索，能迅速定位行业内最牛文献，方便阅读，缺点是工作量大；
$ {' h/ U3 t, r# k
通过订阅RSS源，前提是首先得找到与个人研究方向贴近的期刊。' \5 U, J$ ?* V* \4 o3 ^; Z c

然而，经过长期摸索，我发现了一种更快更准更强的文献检索方式，那就是通过web of science。该方法有以下特点：
（1）检索过程更快，熟练后快速定位大量关键文献仅需10分钟；
（2）检索结果更准，与主题无关文献统统迅速筛除；
（3）检索内容更强，相关题录都在，包含影响因子、期刊分区等，方便阅读，也方便WORD即插即用。
为方便介绍，我将之命名为“快准狠WOS三步法”：
第一步：学会WOS检索方法及语法
第二步：文献粗筛
将第一步中的关键词设为 “vehicle AND (dynamics OR control)”，关键词所在位置选“标题”，则第一步筛选出395147篇论文；然而，这些题录里包含有大量与我期望无关的题录，下面我们通过两步进行快速筛选：

通过“文献类型”筛除不相关文献，结果如下：6 h! g5 ?# `. b

2. 通过“研究方向”筛除不相关文献
经过A步之后仅剩13829篇文献，再用“研究方向”筛选一次，仅勾选我关注的研究方向；然后选取600篇文献，导出为EndNote可读的格式。如图所示：
此外，还可以通过期刊、作者等进行筛选，但不易操作，故不推荐。
第三步：文献精筛
通过第二步步我们可将这600篇文献导入至EndNote中，那么，这些文献中仍然有一部分不是我想要的，一篇篇删除太费劲了，设置过滤词是一个很好的选择。通过几年摸索，我找到了一份适合自己研究方向的关键词过滤集，利用关键字对文献题录进行过滤，处理前后对比如图所示：
至此，文献筛查完毕。从开始的395147篇到最终的221篇，只需要3步！！！开始有针对性地阅读论文吧！
把这些经验总结成文字，一点点剪切、标注、绘图，花了三个多小时，但这三个多小时，却是我从百度学术、爱思维尔、tandfonline、小木虫、赛门铁克、必应学术、谷歌学术、WOS等等网站中一步步使用并积累经验再挑选出来的，是我多年经验的总结。所以，看过的朋友们，麻烦向左下角点个赞吧！

老板娘 · 发表于 2021-11-23 17:54:21

来说说一个比较方便的文献整理的方法吧。
海量文献关键信息，如何一键提取？两分钟学会文献粗读法！（千赞回答分享系列）科研大喵叫喵大的视频 · 2039 播放
工具：scopus 和 vosviewer（一个文献分析的软件，免费）
用途：将大量文献按关键词（或其他信息）分类，找出相互联系和主要大类，适合粗读阶段

关键词搜索不必多说，建议使用AND OR （）以及 * 的精准搜索方法。我这里想搜索value co-creation这个概念在consumer logistics方面的应用，用了以下关键词搜索的方法。
+ k: |! J& @; Z

2. 我这个搜索在scopus里面只搜到了29篇paper，作为示例，我没有继续refine我的结果，但是如果搜索结果太多，我会用Year，Subject area，Source title等继续缩小范围，这里就不详细说明，如下图所示。
3. 确定相关的文献后，选定并下载文献关键信息，我一般选择CSV export，然后一般前三栏信息都选上，反正CSV格式文件都很小，下载很快。
4. 下面就用到vosviewer这个软件，这个我真心觉得是个好上手，用途广的软件。在这个软件中，将刚刚生成的CSV文件打开，方法如下：
5. 对关键词可以做删选和初步处理，确保没有重复，相似或无关的关键词出现。
6. 以下还有几个步骤我就不详细说了，按照要求选择就可以，然后结果呈现如下
7. 有了clustering的结果，就可以对这一组文章有一个大概的了解，包括关键的theme，他们之间的联系和重点。我这里只是基于29篇文章做的演示，可能不能很好的现实这个方法的好处。当需要阅读几十甚至几百篇文章的时候，这个方法能有效的把大量文章分为几个突出的类别，且分类基本符合逻辑，为后续精读划出条理，明确思路。
8. 这个方法还可以分析作者的相关性，abstract的关键词分析提取，reference list的相关性等等，针对不同整理目标，可以使用不同方法，很强大也很简答！
<hr>另外，有童鞋在回答中说遇到错误提示，我的解决方法贴在这里供大家参考。还是大家有什么更好的办法？
反正我就是电脑不好用就暴力重启的人...
<hr>贴一个相关回答，综合整理了自己近期科研相关的回答（超2W收藏，附赠萌猫）！

sy008 · 发表于 2021-11-23 18:06:21

篇幅有限，单就如何阅读文献谈一谈，从“过来人”身上汲取经验！先寄出滑铁卢大学教授S. Keshav经典的阅读论文“三步法”值得收藏！
虽然这篇文章在2007年便发表了，有些作者也许还阅读过，不过，正如S. Keshav在该文开篇所说的那样，无论是审稿人还是研究生、博士生在面对每年需花费几百个小时去阅读论文的现实情况，学习有效阅读论文的技巧非常重要。因篇幅有限，小编将归纳出S. Keshav三步法阅读论文的精华部分，会在文末放上英文原版论文下载链接，供作者深入阅读。
三步法也可说是三个阶段，拿到一篇文章，我们该如何入手呢？S. Keshav告诉我们只需三步阅读全文，每一步都有其目标。大抵是，第一步要弄清论文的大概思路；第二步要抓住论文的主要内容；第三步从细节上深入了解论文。
第一步：需5-10分钟
快速浏览整篇论文，对其有个大概的了解。你也可以自己决定是否需要进一步阅读。该阶段分下面的几个步骤组成：

仔细阅读题目、摘要和引言；
' P9 i0 v: ~5 s7 g( {6 w4 P
阅读标题和小节标题，标题下的内容不必看。
6 n, j4 [7 @6 V* U
阅读结论. s, d N& v: C3 _! G& a
看看参考文献，也许有你读过的论文。) d( R% @$ N' d: K, J6 K. m

在第一步完成后，你应该可以回答以下五个问题：

类别：这篇论文是什么类型？测试类？对现有系统进行分析的？对原型系统进行描述的？
( z# E3 `, R8 ~
内容：在你读过的论文中与其相关的有哪些？使用哪些理论基础来分析文章？
0 f/ O2 Q$ I D" N' ]8 e
正确性：结论是否有效？
! {0 o1 W) x9 T! P& i! w7 S
创新：该论文的主要创新是什么？& E1 K. O, n: }. D2 h- j2 F
清晰度：该论文是否条理清晰？# p8 v. F; p5 H a6 h4 x! f# M' e2 r

回答出以上问题，你便清楚是否有必要继续阅读该论文，这也许与你的兴趣或研究领域有关，也可能是作者的结论不正确使之没必要再继续阅读。这也再次提醒你，在你写论文的时候，希望有人看你的论文，那么简明扼要的标题及摘要是非常重要的，无论是读者还是审稿人在用五分钟过一遍你的论文后，看不到文章的亮点也就对你的论文失去读下去的兴趣了。
第二步：需1小时左右
第二步要仔细阅读论文，但忽略掉诸如证明之类的细节。阅读过程中做好笔记记录重点，或在论文空白处标注出来，

仔细阅读论文中的数字、图表和其他插图。尤其要注意图表：轴标签是否正确？标示的结果是否有误差线？这些常见的错误能区分出该论文是粗制滥造的还是经过尽心做研究后的结果。/ l' N0 U2 H J$ h B
为了了解更多关于该论文的背景，记得要标记未读过的参考文献供进一步阅读。通过第二步的阅读，你应该能够掌握论文的主要内容。你也应该可以把论文的主旨及论据总结给别人。对于你感兴趣的论文，读到这个程度就可以了，但是对于那些在你研究领域内的论文来时，还远远不够。9 }* r* `# M8 A6 L; k% j

有些情况你在读到第二步结束时仍然难以理解论文，可能的原因是主旨对你来说是全新的，还有不熟悉的术语和缩略词。也可能论文作者使用您不明白的论据或实验技术，导致大部分论文内容无法理解。除此之外，有些论文可能写得很差，也导致你无法理解该篇论文。亦或者可能是深夜，你很累了。如果是这样，你可以选择：（1）把论文放到一边，期望着在你走向事业成功的路上不需要理解它，（b）在了解了相关背景知识后，过段时间再回头读，或者（c）坚持不懈继续阅读。
第三步：数小时
要充分了解一篇论文，尤其你是审稿人时，需要进行第三步。第三步的关键是：在脑中勾勒出整篇论文，作出与作者相同的假设，重新创作。通过将这种重新创作与实际文章进行比较，您可以轻松地验证出论文的创新之处，也可以轻松找出一些不易察觉的缺陷和假设。
这一步需要读者精读论文，完成这一步读者便可验证论文中每一个假设是否成立，并且同时思考如果自己是本文作者的话会如何去体现自己的idea ，这种假设自己是作者的方法可以加深你对该论文论据及表述技巧上的理解，并且能从中学到这些技巧。在完成第三步的过程中，你应该时刻留意对于未来研究工作的新想法。
第三步是最耗费时间的，对于初学者来说可能要数小时，即便是有经验的学者也至少要一两个小时。当完成这一步后，你应该可以在脑海中重现构造论文的整个架构，同时能确定论文中哪些是好的，哪些是一般的论点。特别地，你也应该能明确指出论文中不清晰的假设、漏掉引用的相关工作以及论文中试验和分析的手段潜在的缺点。
如对该篇论文感兴趣，想下载详细的阅读，可参看原文出处：

内有下载全文链接

嫣然 · 发表于 2021-11-23 18:18:21

剑桥大学博士在读，博二，手上有2篇论文。1篇文章已在投稿筹措中，去年带着初稿参加了在LSE(伦敦政经)举办的PopFest2019，今年终稿的Abstract被BPCS2020 会议接受(原定伦敦国王学院(KCL)举办)，但因COVID-19今会议被延迟中。另1篇文章在写。2篇论文都将纳入最终的博士毕业论文中。早在2016年，就曾发表了一篇CSSCI文章。
我从2019年秋，也即博二时(剑桥这边不允许博一带学生，考核通过后申博二才可以)，开始做lecture助教、给剑桥高年级本科生做关于写定量研究论文的supervision，同时自己也副业指导国内研究生写研究计划(RP)，深刻体会到拥有一个清晰而系统的文献整理和阅读方法的重要性和必要性。我总结一下我见到的文献整理和阅读中的问题:

1.文件夹混乱，不成体系! g# T2 P4 y* C T& t; d
2.文献搜集不全面、碎片而零散, B2 I; F$ G7 x5 h, `9 T
3.文献阅读不分类、无重点

--------今年也因为疫情，我有了更多的时间来整理和分享我的学习心得，因此我花了3小时，图文结合分享文献整理和阅读法，让文献搜索的整理有条不紊，让文献阅读条分缕晰。文末额外分享了文献批判性阅读和写作的整个思维导图，让最后的文综写作水到渠成，记得收藏点赞！
Part1. 文献搜索

书籍类

拿出你手头的任何书单，如本学校（甚至其他学校的）课程书单、老师推荐书单，今年的、往年的都可以 à 上图书馆检索，输入1-2个关键词，找到该topic下还有什么什么学科有讨论到 à 到图书馆借书，同时注意同一个书目下其他相关的书，特别注意拥有多个印刷本，说明一定是很被推荐的 à 翻开书、开始阅读，记下被别人多次引用的词汇，不论是正面引用还是负面引用，这些词汇用于下面的paper搜索。
Paper类（本文重点）

打开数据库： WoS, Scopus, 知网等
—>搜索文献 根据‘关键词(Title & Keywords)’广撒网，(例子：我想研究中国内部流动对家庭的影响，输入关键词China & migration &family)
—>根据‘研究方向(Subject area)’小幅度收网 (例子：social sciences)
—>根据‘文献类型(Document type)’ (例子：journal 或者review,比之书更短小、前沿，比之会议论文更权威)再缩小范围
—>最后根据 ‘相关性(Relevance)’排序，列出‘所有的鱼’从‘大鱼’到‘小鱼’。
我获得了149篇文献。导出paper到自己常用的文献管理工具，我自己比较常用Mendeley。如下图，右侧非常方便看title, journal信息以及abstract（很关键）.

Plus:
你也可以选择年代(Year)(例子：根据我的情况，中国出现流动1980年户口制度变宽松后，因此我可选择在1980-2020的研究，可根据自己的具体情况调整)；
你也可以增加研究地区(Country/territory)(因为我是研究中国大陆的人口流动，所以我选择了China，具体可自行调整)
如果导出的文件数很多，比如，我的搜索的关键词换成更宽泛的内容‘China & migration’，其他限制条件一样，我搜索到了1141篇。

Bonus: 学在平时——日常积累文献
a.列出4-5个期刊，它们是最长发表你导师推荐你的文章/多被引用的文章，浏览这些期刊近期和往期发表的同你研究领域相关的文章。b.利用摘要库，通过搜索某研究话题的关键词/作者名获得相关的文章。b. 在顶尖学术出版社的检索目录中输入关键词，检索最新的研究，下载下来。（同时可检索那些书被这些学术杂志做了书评，列出书单，到图书馆去借阅）
想知道平时如何高效积累文献，请看我的另一个回答，以社会学举例：

这一波操作下来，我们拥有了‘可能的阅读书单’，从中我们选择出我们实际会去读的paper。下一步就将如何进行文献整理了。

Part2.文献整理: 精简+分类

精简

带着文综核心5问法阅读[1]Abstract，依旧在Mendeley的环境下，对文件进行编码
1）为什么读这个？Why am I reading this?
2) 作者写这篇文章的目的是什么？What are the authors trying to achieve in writing this?
3) 作者所述与我的研究的相关之处是什么？What are the authors claiming that is relevant to my work?
4) 作者的这些阐述的有多可信，为什么呢？How convincing are these claims and why?
5）这篇文章对我有什么用？In conclusion, what use can I make of it?

编码内容为4项
①重要，要回头细读 return to it for detailed analysis
②重要的背景介绍 an important general text
③不太重要 of minor importance
④不相关 not relevant

具体操作，你可以直接在右边的title中插入数字。之后你点击title Mendeley就会自动排序，paper们会自动按照你的编码排序。文章的重要性就一目了然了：
分类

依旧在Mendeley的环境下，根据4个筛选标准，同样也是你读文献的最终目标

1.文章涉及了你感兴趣的研究领域3 u. ?7 m# B4 r  Q% g4 I, A
2.文章研究发现是现在研究领域的热点
* v7 l  a6 B) f0 ^; D) h3 l3.文章的方法论、分析和结果有特别之处
  U" W7 ]. ^- R: c6 a" B4.文章回答了一个或多个你必须回答的问题

没有一篇文章可以一口气覆盖以上所有内容，你需要一类文章为你提供一个总览，比如综述类研究论文，你需要另一类文章为提供理解目前研究工作进展的现状，读下一类文章知道用什么研究方法。
因此你需要对你的阅读长单分别用以上四个标准进行分门别类。建议建立4个文件夹，分别是：【研究评述】, 【热点前沿】，【理论相关】，【方法建设】。
因此编码为②的paper可以归入到【研究评述】文件夹中。【热点前沿】，【理论相关】，【方法建设】等文件夹中应该都是编码为①的paper，少量编码为③的paper。
进行全文阅读前，我们需要先下载文章。我们可在Mendeley中直接下载(如果没有，就手动添加，大部分都有。特别是你使用Scopus数据库，因为Scopus和Mendeley同属于Elsevier家的)
Part 3. 文献阅读——批判性阅读&写作

现在我的研究主题，同时是我的根文件【the influence of migration on families in China】下设的4个子文件【研究评述】, 【热点前沿】，【理论相关】，【方法建设】都有了重要且相关的文章。文献都整理大功告成，终于可以静下心来读文献了。
我们就可以展开深入文献阅读的核心——批判性阅读和写作了。依旧是根据文综核心5问法进行全文阅读并写在word中写出单篇的综述：
1）为什么读这个？Why am I reading this?
2) 作者写这篇文章的目的是什么？What are the authors trying to achieve in writing this?
3) 作者所述与我的研究的相关之处是什么？What are the authors claiming that is relevant to my work?
4) 作者的这些阐述的有多可信，为什么呢？How convincing are these claims and why?
5）这篇文章对我有什么用？In conclusion, what use can I make of it?
我整理了一个critical reading&writing的思维大纲
根据文综核心5问法的review模板，根据思维大纲，一一回答5问之后的各个要点，就可以写出你的review。建议经过Abstract初读，回答核心五问，然后带着问题读全文。
积累了很多单篇的review之后，就打印出来，你就可以横向比较、整合，写成一篇完整的综述了。

看完这篇文章，如果你有收获，请一定不吝点赞，也欢迎交流！
最后，【巨大的！福利！！要给你！！！】这是一个定让某红书众多学术博主失宠的关于科研写作方面的超级资料！是我在过去2年间阅读大量文献资料的基础上、积累起来的关于英文学术写作方面的一些笔记，以及对我帮助很大的优质外文英语学习类书籍。
有关于英语写作的知识，是外教和大学老师都不会教你的内容；有关于一篇论文各个部分的所有句型，以及如何做文献的批判性分析，真的应有尽有。
私我免费送，DDL2020年12月31日！谁让今年这么难！2021年以后想要的，请我喝奶茶！

参考

^Wallace, M. and Wray, A., 2016. Critical reading and writing for postgraduates. Sage. a6 w8 f) S8 j V

teamo · 发表于 2021-11-23 18:30:21

以上的答案真的都很不错，尤其是首赞的答案，写的非常详细。
序言

文献阅读和文献整理，我认为整理甚至比阅读重要，因为很多时候不是我在做实验的时候读不进去文章，而是我不知道我之前看过了哪些，有哪些遗漏。
之前师兄有句话，文献是读不完的。与其陷入到无边无涯的文献海洋里，还不如找准方向，知道哪些要读，哪些可以忽略。
*文献整理我用的是Endnote, 因为真的很好用。不过里面PDF的编辑功能我要实名吐槽，还有就是文中搜索功能，让我蛋疼不已，然鹅么有办法，大部分的功能还是很给力的。
所有的经验真的很有帮助，如果我能做任何的补充的话，我会补充一点：
怎么样找到最新的相关文章？怎样知道前沿是什么？

很多PI能够通过各种会议中的networking了解到领域里的前沿，可是我们学生们似乎没有这个luxury。
做理工类的科研的一大梦魇就是，在某杂志上已经发表了我快要收尾的项目的结果，而我后知后觉，完全蒙在鼓里。想想都觉得心塞啊...不知道多少人因为这个不得不临时修改方向。
然而很多时候每天早上打开电脑输入各种网址看最新的abstract又不是很现实
一个领域里至少有10个journal是你要follow的，再加上Nature，Nature子刊，Science乱七八糟，说不定哪天就忘记了。
后来我发现了一个工具，叫做“Feedly”，这是一款综合各种杂志的RSS feed到他们这里，并且能够显示abstract和TOC的软件和网站。
Logo是长酱婶儿的：
主页面是这样的：
这个网站使用起来非常简单，你只需要搜索你想关注的杂志，或者把想关注的杂志的RSS链接加入到你的账号里就可以了。
然后就会出现你想要看的杂志的所有最新内容的题目和摘要。
我本身是做高分子化学的，所以我会关注Nature, Science和ACS关于材料和材料化学的杂志，欧洲的就会去看Royal Chemical Society和Wiley的一些杂志。
这样我每天只需要打开一个网站，就能看到有那些杂志有新的文章发表了。
系统会自动标记你看过的文章，如果你有没有看过的，系统会提示你有几篇新发表的文章你还没有看过。
这个网站的更新还是很迅速的，基本上是实时更新，不会出现lag。
点开一篇文章的界面是这样的
同时对于你觉得有用的文章，你可以先收藏或者留着之后再看，或者下载到你的很多其他客户端上看。
我觉得这个软件真的在我读书的时候帮了我很多忙，省了我很多时间，我养成了基本每周至少浏览一次的习惯。
希望这个对众多在奋斗的学友们能起到一些帮助，如果有任何问题请随时来问。^_^

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