|
9 X: T b, b1 @1 P1 w- E% P9 g 原标题：MODB：软体动物线粒体基因组数据库
) }/ w; H3 b" K1 C; y$ W0 ` |$ H; K% D! {- i
软体动物是海洋中最大的门类，是仅次于节肢动物的第二大无脊椎动物门，约占所有命名海洋生物的 23%，软体动物系统学仍在不断变化，人类活动的增加影响了软体动物的繁殖和发育，对多样性和分类产生了强烈影响。然而，软体动物未描述物种的比例非常高，许多分类群的研究仍然很少。凌恩合作客户烟台大学生命与健康大数据中心构建了软体动物线粒体基因组数据库MODB，数据库收集了616种具有线粒体基因组信息的物种，该数据库可访问地址：http://modb.ytu.edu.cn/。
% C" V) B) R& Z; v  图1 数据库主页
, f( ?: Y' t6 G4 y) ]2 q MODB数据库页面提供6个模块：搜索软体动物线粒体基因组信息模块、序列检索工具、分类单元树和系统发育树模块、线粒体基因组比较分析模块、参考文献模块以及线粒体基因组文件下载模块：
; \6 _1 r" C7 N' M d （1）在搜索软体动物线粒体基因组信息模块，用户可以轻松查看包含软体动物的线粒体基因组信息、分类单元信息、地理分布和物种照片等信息；
3 C; B# }/ x' u+ E5 ~+ X j. h （2）在序列检索工具模块，数据库引用了比对索引软件(Blast),多序列比对软件(Muscle),编码区鉴定软件(Genewise)和基因组成对比较软件(lastz)，用于探索软体动物数据库，进行软体动物线粒体基因组比较分析； ( N O( u+ e T( }+ \. i/ M
（3）分类单元树和系统发育树模块，数据库根据分类单元和系统发育关系对软体动物进行了展示； 1 r6 C/ r, x" _2 k' M# ?3 R
（4）线粒体基因组比较分析模块，基于数据库线粒体基因组进行物种比较分析； * w5 E- g; p2 B7 ?0 \
（5）参考文献模块，用户可以搜索指定物种的线粒体基因组发表文章，点击即可到达文章网址；
: r9 H% D1 z2 R$ \9 K! W5 E5 p4 Z （6）线粒体基因组文件下载模块，用户可直接下载关注物种的线粒体基因组、CDS和蛋白序列。
7 p( r) a% ~+ M6 L, X  图 MODB的数据处理示意图
6 z/ K) n) j+ b+ b 总之，MODB数据库致力于收集、分类和共享有关软体动物的基本信息，尤其是它们的线粒体基因组信息，包含了一系列分析和可视化工具，为有兴趣了解软体动物生物学特性的研究人员提供了全面的信息和分析平台。 6 f2 ~7 m& ~( j: K5 N2 E0 V+ S
阅读原文：MODB: a comprehensive mitochondrial genome database for Mollusca.Database, 2021返回搜狐，查看更多 3 V8 |4 R. E( h7 S
2 M8 X, o+ v1 L9 x4 ]: g* B
责任编辑：
" n' F: Q- g) W) u3 X% w( x4 I) b7 s, y
* }. ~, V- ]* k
% U7 o8 R0 K6 t( V1 Y! b
9 J% n0 }7 _5 b4 ? | 
